柔佛州南安会馆成立于1915年，成立初期定名为“南安公会”。1926年，本会在巴株市区惹兰花智吗街门牌7号，购置一间二层楼高店屋作为会所，并易名为“巴株吧辖南安会馆”。
马来亚光复后，会馆恢复活动。此后，各届会长及董事会均积极为筹建会馆奔波。1964年5月14日产生建委会，积极发动筹建新会所大厦基金。1967年5月14日产生建委会，积极发动筹建新会所大厦基金。1967年年底一座富丽堂皇，三层楼高的会所终于矗立在巴株市中心。
1957年1月1日，会馆复兴第十一及十二届新旧董事举行交卸礼及召开会员大会举行聚餐会时，决议将会名改为“柔佛南安会馆”，让居住在其他县的同乡可以申请加入。
会馆教育组于1984年起，开始颁发会员子女奖励金，以奖励会员子女努力求学。会馆人数目前有千人左右，且在不断增加中。1985年，会馆为了培养接班人，成立了青年团。
1992年4月2日，会馆组团回中国故乡访问及寻根。访问团除了到广州、泉州、厦门、南安及故乡之外，也到香港及澳门游览。
1995年会馆庆祝成立80周年纪念，同时主办大马南联会及南联青常年代表大会。在青年团诸位理事的积极协助下，在短短的两个月内便成立了妇女组。
1996年和1999年，会馆青年团曾两次积极组团参加由福建省海外交流协会主办的“福建省海外华裔青年联欢节”。
本会现任会长：黄衍说
地址：NO,59A, IST Floor, Jalan Mohd, Salleh ,
83000 Batu Pahat , Johor , Malaysia
电话：（60-7）4326130
传真：（60-7）4312792
